Práci vo výboroch venujú poslanci približne dva týždne v mesiaci. Počas schôdzí výborov prerokúvajú legislatívne a nelegislatívne správy, podávajú pozmeňujúce návrhy a hlasujú o nich nadväzujúc na zákonodarné rokovania s Radou. Výbory niekedy organizujú vypočutia, na ktoré pozývajú rozličných odborníkov, preskúmavajú prácu iných inštitúcií a orgánov Únie a pripravujú správy z vlastnej iniciatívy, ktoré síce nie sú právne záväzné, no predstavujú stanovisko Parlamentu k danej problematike.
V súčasnom volebnom období (2014-2019) má Európsky parlament 20 stálych výborov a dva podvýbory. Pokrývajú celú škálu kompetencií EÚ – od medzinárodného obchodu až po ochranu spotrebiteľa a rovnosť mužov a žien. Parlament môže zriaďovať aj takzvané vyšetrovacie výbory a osobitné výbory. V uplynulom volebnom období tak učinil trikrát a zriadil osobitné výbory pre politické výzvy, krízu a boj proti organizovanému zločinu.
Jednotlivé výbory môžu byť rozlične veľké. Najviac členov (71) má výbor pre zahraničné veci a najmenej členov (25) je vo výboroch pre rybárstvo, právne veci a ústavné veci. Ich zloženie vždy odráža politické zloženie celého Parlamentu. Vo väčšine prípadov sú poslanci riadnym členom jedného výboru a náhradným členom v inom výbore.
Ku každej prerokúvanej záležitosti si výbory spomedzi svojich členov vyberajú tzv. spravodajcu, ktorý vypracuje stanovisko Parlamentu alebo správu. Politické skupiny podávajú k návrhu spravodajcu svoje vlastné pozmeňovacie návrhy a hľadajú medzi sebou kompromisné znenie, ktoré sa potom predkladá na schválenie počas plenárneho zasadania.