Európsky parlament rozhoduje o veľkom počte komplexných tém. Túto možnosť má vďaka dvadsiatim špecializovaným výborom, ktoré pripravujú témy, o ktorých budú diskutovať všetci poslanci EP na riadnych plenárnych zasadnutiach.
K trom popredným výborom patria: Výbor pre občianske slobody, spravodlivosť a vnútorné veci, Výbor pre životné prostredie, verejné zdravie a bezpečnosť potravín a Výbor pre kontrolu rozpočtu.
Výbor tvorí 25 až 70 poslancov, volí si predsedu, podpredsedov aj sekretariát. Politické zloženie každého výboru odráža celkovú politickú skladbu Parlamentu. Každý výbor zasadá raz alebo dva razy za mesiac, rokovania sú verejné a konajú sa v Bruseli.
Vo výboroch sa hodnotia a prípadne menia či dopĺňajú legislatívne návrhy Európskej komisie, tiež sa tu začínajú rokovania o konkrétnych témach s ministrami štátov EÚ. Vo výboroch sa predstavujú návrhy uznesení k diskutovaným témam.
Parlament môže zriadiť osobitný výbor, aby sa venoval istej problematike alebo skúmal prípadné obvinenia z nesprávneho postupu.