Viacročný finančný rámec
Svoj rozpočet prijíma EÚ každý rok, no okrem toho plánuje aj na niekoľko rokov dopredu. Viacročný finančný rámec je dlhodobý plán, ktorý stanovuje priority a maximálne čiastky, ktoré môže EÚ minúť v jednotlivých oblastiach. Prijíma sa na obdobie siedmych rokov.
Súčasný rámec bol prijatý na obdobie 2014-2020, no Európsky parlament požiadal o jeho priebežné prehodnotenie, či zodpovedá súčasným výzvam, ktoré je potrebné riešiť, a v prípade potreby prijať zmeny.
Záväzky a platby
Správne finančné hospodárenie nie je len o sledovaní súčasných výdavkov, ale aj o tom, koľko peňazí sa zaviažete vyplatiť v budúcnosti. Nie je tomu inak ani v prípade európskeho rozpočtu. Platby sú výdavky, ktoré sa vyplácajú počas daného rozpočtového roka a záväzky sú sľuby vyplatiť peniaze za projekty alebo kontrakty, ktoré pobežia aj po skončení daného roka.
Rabaty
Väčšina peňazí v rozpočte EÚ dnes pochádza z príspevkov členských štátov vypočítaných na základe ich hrubého domáceho dôchodku. Ak niektorá krajina do rozpočtu prispieva viac, ako sa jej z neho ujde, provokuje to veľké rozpory. Na zmiernenie tejto nerovnováhy sa preto niektorým krajinám udeľujú rabaty. Najznámejším z nich je rabat pre Spojené kráľovstvo, ktorému až 66% jeho príspevku preplatia ostatné členské štáty. Podobné úľavy dostali aj niektoré iné krajiny.
Európsky parlament už dlhšiu dobu argumentuje, že tieto rabaty prinášajú do rozpočtu neprehľadnosť a členské štáty sa tak počas rokovaní sústreďujú na svoje vlastné záujmy a zabúdajú, že spoločný trh a programy EÚ prinášajú úžitok pre všetkých. Poslanci okrem toho požadovali aj kompletnú zmenu financovania EÚ a nové zdroje príjmov.
Spoločné riadenie rozpočtu
Na implementáciu takmer celého rozpočtu dohliada Európska komisia, no zodpovednosť za európske fondy a programy deleguje na členské štáty. O tom, kto dostane peniaze z EÚ, či už je to na poľnohospodárstvo, podnikanie alebo zamestnanosť, tak rozhodujú samotné národné orgány. Na prerozdeľovanie peňazí však Komisia zblízka dohliada a v prípade, že boli použité nesprávne, si ich vypýta späť.
Podvody a nezrovnalosti
Rozpočet EÚ každý rok kontroluje Európsky dvor audítorov. Audítori tak môžu počas svojej práce prísť na viaceré nezrovnalosti – ak napríklad niekto žiada o preplatenie výdavkov, ktoré mu nemali byť povolené alebo ak farmári žiadajú príspevok na väčšie pozemky ako v skutočnosti vlastnia. Niekedy ide len o chyby, no ak je to úmyselné, tu už hovoríme o podvodoch.
Dvor audítorov vo svojej výročnej správe za rok 2015 odhaduje podiel chýb na 3,8%, čo je síce menej ako minulý rok, no stále viac ako referenčná hodnota 2%.
Absolutórium
Konečný verdikt o tom, či Komisia a orgány a agentúry EÚ hospodárili v uplynulom roku, tak ako treba, dáva Európsky parlament. Tento proces sa nazýva absolutórium a Parlament pritom vychádza zo zistení dvora audítorov.