Aj v Dvoroch nad Žitavou nebolo vyhovujúcim spôsobom zaistené čistenie odpadových vôd. Neboli naň napojené všetky zdroje a chýbala veľká časť kanalizácie. Nutné preto bolo modernizovať čistiareň odpadných vôd, doplniť ju o usadzovaciu nádrž a vybudovať 12,5 kilometra novej kanalizácie, prepojiť ju s už existujúcou sieťou, doplniť osem čerpacích staníc a tým pripojiť všetky zdroje odpadných vôd na modernizovanú čistiareň. Celkové náklady na tento projekt boli viac ako osem miliónov EUR, pričom 7,5 milióna bolo uhradených z fondov Európskej únie v rámci nenávratného finančného príspevku.
Účinnejšie čistanie odpadných vôd umožnilo aj postavenie novej dosadzovacej nádrže a zvýšiť tak celkovú kapacitu čistiarne. Vďaka tejto investícii si “vydýchla” aj neďaleká riečka Žitava. Realizáciou tohto projektu začala aglomerácia Dvory nad Žitavou spĺňať požiadavky smernice Európskej komisie o čistení komunálnych vôd. Dobudovala sa stoková sieť, ktorá umožnila napojenie na verejnú kanalizáciu 100% producentov odpadových vôd.